Laboratorio di Modellistica Molecolare

Laboratorio di modellistica molecolare, dettaglio

Responsabile: Prof. ssa Laura Bonati

Ubicazione: U1, piano terra, locale T009

Attrezzature:

  • 1 Cluster HP ProLiant (1 dual core Opteron AMD64 storage server; 6 nodi: 4 dual core Opteron AMD64 e 2 quad core Opteron AMD64), sistema operativo: Linux.
  • 5 PC quad core AMD64, sistema operativo: Linux, windows 7.
  • 2 stampanti

 

Il laboratorio è dal 2006 sede delle attività di ricerca del gruppo di Modellistica Molecolare che si avvale delle risorse di calcolo qui ubicate per svolgere attività computazionali per lo studio di molecole organiche e di proteine a livello molecolare.

I principali programmi utilizzati sono:

a) Open source

  • Modeller: per predizione di struttura di proteine con Homology Modelling;
  • T-Coffee, DALILite, Seaview, e DSSP: per analisi e allineamento di sequenze e strutture di proteine.
  • Gromacs: per simulazioni di Dinamica Molecolare.
  • Pymol e VMD: per visualizzazione di strutture molecolari.
  • R: per calcoli statistici.

b) Sotto licenza

  • La suite Schrödinger LLC (Maestro, MacroModel, Glide, Prime, ecc.), per visualizzazione delle strutture molecolari, modellistica molecolare e docking molecolare.
  • Amber: per simulazioni di Dinamica Molecolare su GPU.
  • Matlab, di MathWorks Italia,  per calcoli statistici.

Vengono inoltre sviluppati programmi e tools per il trattamento di dati di bioinformatica e modellistica molecolare nei linguaggi Python e Bash.

 

Laboratorio di modellistica molecolare
Laboratorio di Modellistica Molecolare