Responsabile: Prof.ssa Laura Bonati

Ubicazione: U1, piano terra, locale T009 (interno 2740)

Contatti: laura.bonati@unimib.it, stefano.motta@unimib.it

Attrezzature: 4 Workstation Linux AMD-Ryzen-5, 1 Stampante HP Color Laserjet

Personale: Dr. Stefano Motta (stefano.motta@unimib.it)

Il laboratorio è dal 2006 sede delle attività di ricerca del gruppo di Modellistica Molecolare, che si avvale delle risorse di calcolo qui ubicate per esplorare le proprietà strutturali e dinamiche delle proteine a livello molecolare. In particolare, vengono analizzate le interazioni tra proteine e piccole molecole, quali farmaci o inquinanti ambientali, con l'obiettivo di predire gli effetti biologici di tali composti. Inoltre, vengono studiati gli aspetti dinamici dei processi che coinvolgono i sistemi proteici, dal folding, alle interazioni proteina-ligando, a quelle proteina-proteina, e alla comunicazione allosterica. Questi studi computazionali hanno grande rilevanza per la comprensione dei meccanismi che stanno alla base dei processi fisiologici e patologici e dell'attività farmacologica e tossicologica dei composti chimici, e possono contribuire allo sviluppo di nuovi farmaci.

I principali programmi utilizzati sono:

a) Open source

• Modeller: per predizione di struttura di proteine con Homology Modelling;
• Gromacs: per simulazioni di Dinamica Molecolare.
• Pymol e VMD: per visualizzazione di strutture molecolari.
• R: per calcoli statistici.

b) Sotto licenza

• La suite Schrödinger LLC (Maestro, MacroModel, Glide, Prime, ecc.), per visualizzazione delle strutture molecolari, modellistica molecolare e docking molecolare.
• Amber: per simulazioni di Dinamica Molecolare su GPU.

Vengono inoltre sviluppati programmi e tools per il trattamento di dati di bioinformatica e modellistica molecolare nei linguaggi Python e Bash.